La cirugía de las amígdalas, la amigdalectomia, tiene dos indicaciones importantes: los problemas respiratorios y los problemas infecciosos. Esta cirugía esta recomendada para personas con amígdalas grandes que causan gran dificultad para respirar, que roncan al dormir o presentan apnea de sueño.
También para personas que están siempre con los labios entre abiertos y tienen alteraciones en la postura de la lengua, o en la posición de los dientes, además de alteraciones en la postura corporal.
Las infecciones repetidas de amígdalas, o amigdalitis, son indicios de la necesidad de la cirugía. Es importante aclarar que esta cirugía no mejora la situación de las personas que presentan amigdalitis causada por virus. Algunas enfermedades paras como: nefropatía por IgA, pustulosis palmo-plantar y psoriasis, también se pueden beneficiar de la amigdalectomia.